MTs Al-Falaah Lekis Rejo didirikan tahun 1996 oleh para tokoh pendidik, tokoh agama dan tokoh masyarakat Desa Lekis Rejo khususnya dan desa-desa disekitar pada umumnya. Mereka mendirikan Madrasah ini dengan tujuan ingin membantu masyarakat dan pemerintah dalam memberantas kebodohan dan ingin mengangkat harkat dan martabat masyarakat Desa Lekis Rejo khususnya dan desa-desa disekitar pada umumnya. Seiring dengan perjalanan waktu, saat ini MTs Al-Falaah Lekis Rejo telah mendapatkan pengakuan dari pemerintah dengan diterbitkannya Piagam Akreditasi dengan nilai 82 ( B). Hal ini berarti perjuangan para tokoh pendidikan, tokoh agama, kepala-kepala sekolah terdahulu, para dewan guru dan masyarakat tidak sia-sia.